Северного Кавказа
по надзору за соблюдением законодательства
в сфере массовых коммуникаций
и охране культурного наследия
ПИ №ФС77-26521 от 7 декабря 2006 года
ISSN 2073-8137
русский
english
Поиск по сайту
Адрес редакции
355017, Ставрополь, улица Мира, 310.
Телефоны
(8652) 35-25-11, 35-32-29.
E-mail
medvestnik@stgmu.ru
Журнал включён в Перечень ведущих рецензируемых научных журналов и изданий, в которых должны быть опубликованы результаты диссертаций на соискание учёной степени кандидата и доктора наук (решение Президиума ВАК Минобрнауки РФ №6/6, февраль 2010).
Журнал включён в Реферативный журнал и Базы данных ВИНИТИ РАН и зарегистрирован в Научной электронной библиотеке в базе данных Российского индекса научного цитирования на основании сублицензионного договора № 07-04/09-14 от 25 марта 2009 года.
Журнал индексируется: БД SCOPUS, Ulrich's International Periodicals Directory.
Разработка метода анализа единичных нуклеотидных полиморфизмов bacillus anthracis с использованием минисеквенирования и масс-спектрометрии
[Экспериментальная медицина]
Еременко Евгений Иванович; Воропаев Владимир Владимирович; Котенева Елена Анатольевна; Рязанова Алла Геннадиевна; Аксенова Людмила Юрьевна; Цыганкова Ольга Ивановна; Буравцева Нина Павловна; Куличенко Александр Николаевич;
Цель исследования: разработка метода SNP-генотипирования B. anthracis с использованием минисеквенирования и MALDI TOF MS. Материал и методы: исследовали ДНК штаммов B. anthracis, масс-спектры олигонуклеотидов с использованием реактивов для ПЦР, масс-спектрометрии, амплификатора ДНК, MALDI TOF масс-спектрометра, методов ПЦР-амплификации, ДНК-секвенирования и MALDI TOF масс-спектрометрии, компьютерных программ, on line ресурса BLASTn и баз данных GenBank. Результаты: сконструированы праймеры для минисеквенирования 13 канонических SNP B. anthracis, подобран состав нуклеозидтрифосфатов для реакций, отработаны параметры реакций минисеквенирования и MALDI TOF масс-спектрометрии, проверена воспроизводимость и корректность получаемых результатов методами аллель-специфической ПЦР-амплификации в режиме реального времени и прямого секвенирования. Заключение: впервые разработан метод SNP-генотипирования B. anthracis на основе минисеквенирования и MALDI TOF масс-спектрометрии.
Список литературы:
1. Афанасьев, М. В. Сравнительный мультилокусный VNTR и SNP-анализ вакцинных штаммов Bacillus anthracis / М. В. Афанасьев, Е. В. Кравец, З. Ф. Дугаржапова [и др.] // Молекулярная генетика микробиология и вирусология. – 2014. – № 2. – C. 36–40.
2. Верещагин, В. А. Использование масс-спектрометрии MALDI TOF для выявления в генах gyrA и parC Neisseria gonorrhoeae однонуклеотидных замен, определяющих формирование устойчивости к фторхинолонам / В. А. Верещагин, Е. Н. Ильина, М. М. Зубков [и др.] // Молекулярная биология. – 2005. – Т. 39, № 6. – С. 923–932.
3. Котенева, Е. А. Анализ canSNP генотипов штаммов Bacillus anthracis, выделенных на территории Северного Кавказа и Закавказья / Е. А. Котенева, О. И. Цыганкова, Е. И. Еременко // Актуальные проблемы эпидемиологии и профилактической медицины : материалы VI Всероссийской научно-практической конференции молодых ученых и специалистов Роспотребнадзора. – Ставрополь, 2014. – С. 57–58.
4. Afanas’ev, M. V. Molecular characteristics of rifampicinand isoniazid-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates from the Russian Federation / M. V. Afanas’ev, L. N. Ikryannikova, E. N. Il’ina [et al.] // J. Antimicrob. Chemother. – 2007. – Vol. 59. – P. 1057–1064. doi: 10.1093/jac/dkm086
5. Ilina, E. N. Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization– Time of Flight (Mass Spectrometry) for Hepatitis C Virus Genotyping / E. N. Ilina, M. V. Malakhova, E. V. Generozov [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2005. – Vol. 43, № 6. – P. 2810–2815. doi: 10.1128/ JCM.43.6.2810-2815.2005
6. Lowe, C. A. A single nucleotide polymorphism identification assay for the genotypic characterization of Neisseria meningitidis using MALDI-TOF mass spectrometry / C. A. Lowe, M. A. Diggle, S. C. Clarke // Br. J. Biomed. Sci. – 2004. – Vol. 61, № 1. – P. 8–10.
7. Price, E. P. Cost-effective interrogation of singlenucleotide polymorphisms using the mismatch amplification mutation assay and capillary electrophoresis / E. P. Price, M. A. Matthews, J. A. Beaudry [et al.] // Electrophoresis. – 2010. – Vol. 31, № 23–24. – P. 3881–3888. doi: 10.1002/elps.201000379
8. Van Ert, M. N. Global Genetic Population Structure of Bacillus anthracis / M. N. Van Ert, W. R. Easterday, L. Y. Huynh [et al.] // PLoS ONE. – 2007. – Vol. 2, № 5. – e461. doi: 10.1371/journal.pone.0000461
Ключевые слова: B. anthracis, генотипирование, минисеквенирование, MALDI TOF масс-спектрометрия
Учредители:
Ставропольская государственная медицинская академия
Государственный научно-исследовательский институт курортологии
Пятигорская государственная фармацевтическая академия