• Главная
• О журнале
• Редакционная коллегия
• Подписка
• Правила оформления статей
• Порядок рецензирования статей
• Архив выпусков
• Наши авторы
• Статьи
  • По алфавиту
  • По категориям
• Блоги и комментарии



---

Адрес редакции
355017, Ставрополь, улица Мира, 310.

Телефоны
(8652) 35-25-11, 35-32-29.

E-mail
medvestnik@stgmu.ru

Журнал включён в Перечень ведущих рецензируемых научных журналов и изданий, в которых должны быть опубликованы результаты диссертаций на соискание учёной степени кандидата и доктора наук (решение Президиума ВАК Минобрнауки РФ №6/6, февраль 2010).

Журнал включён в Реферативный журнал и Базы данных ВИНИТИ РАН и зарегистрирован в Научной электронной библиотеке в базе данных Российского индекса научного цитирования на основании сублицензионного договора № 07-04/09-14 от 25 марта 2009 года.

Журнал индексируется: БД SCOPUS, Ulrich's International Periodicals Directory.

EBSCO

https://doi.org/10.14300/mnnc.2023.18007

Филогенетический анализ штаммов Bacillus anthracis, выделенных в Республике Дагестан

[Оригинальные исследования] [Инфекционные болезни]
Бобрышева Ольга Викторовна; Писаренко Сергей Владимирович; Ковалев Дмитрий Анатольевич; Еременко Евгений Иванович; Рязанова Алла Геннадиевна; Семенова Ольга Викторовна; Ульшина Диана Васильевна; Куличенко Александр Николаевич;

Представлены данные молекулярно-генетического анализа штаммов Bacillus anthracis, выделенных во время вспышек сибирской язвы в Республике Дагестан. Для проведения филогенетического анализа были использованы геномные последовательности 6 штаммов B. anthracis и 266 геномных последовательностей B. anthracis из международной базы данных GenBank. В результате генетического анализа установлено, что штаммы, изолированные в 1957 и 1963 годах, относятся к главной генетической линии B, ветвь B.Br.002 и имеют высокую степень генетического родства со штаммами из Западной Сибири, что свидетельствует об их общем происхождении. Изоляты, выделенные в 2019 году, принадлежат к группе TEA Br.008/011, ветвь A.Br.118. Данные штаммы образуют отдельную ветвь и тесно связаны с кладой «STI». Полученные данные могут быть использованы при дифференциации штаммов во время расследования вспышек сибирской язвы.

Скачать

Список литературы:
1. Carlson C. J., Kracalik I. T., Ross N., Alexander K. A., Hugh-Jones M. E. [et al.]. The global distribution of Bacillus anthracis and associated anthrax risk to humans, livestock and wildlife. Nat. Microbiol. 2019;4(8):1337-1343. https://doi.org/10.1038/s41564-019-0435-4
2. Hendricks K., Person M. K., Bradley J. S., Mongkolrattanothai T., Hupert N. [et al.]. Clinical Features of Patients Hospitalized for All Routes of Anthrax, 1880-2018: A Systematic Review. Clin. Infect. Dis. 2022;75(Suppl.3):S341-S353. https://doi.org/10.1093/cid/ciac534
3. Куличенко А. Н., Буравцева Н. П., Рязанова А. Г., Еременко Е. И. Сибирская язва на Северном Кавказе. Майкоп, 2016.
4. Котенева Е. А., Цыганкова О. И., Калинин А. В., Абрамович А. В. Спектр canSNP-генотипов как показатель внутривидового генетического и фенотипического разнообразия штаммов Bacillus anthracis, выделенных на Северном Кавказе и сопредельных территориях. Медицинский вестник Северного Кавказа. 2019;14(4):580-583. https://doi.org/10.14300/mnnc.2019.14144
5. Еременко Е. И., Рязанова А. Г., Цыганкова О. И., Цыганкова Е. А., Буравцева Н. П., Куличенко А. Н. Генотипическое разнообразие штаммов Bacillus anthracis, выделенных в регионе Кавказа. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2012;27(2):74-78. https://doi.org/10.3103/S0891416812020024
6. de Sena Brandine G., Smith A. D. Falco: high-speed FastQC emulation for quality control of sequencing data. F1000Res. 2019;8:1874. https://doi.org/10.12688/f1000research.21142.2
7. Bankevich A., Nurk S., Antipov D., Gurevich A. A., Dvorkin M. [et al.]. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J. Comput. Biol. 2012;19(5):455-477. https://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021
8. Seemann T. Prokka: rapid prokaryotic genome annotation. Bioinformatics. 2014;30(14):2068-2069. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153
9. Treangen T. J., Ondov B. D., Koren S., Phillippy A. M. The harvest suite for rapid core-genome alignment and visualization of thousands of intraspecific microbial genomes. Genome Biol. 2014;15(11):524. https://doi.org/10.1186/s13059-014-0524-x
10. Tamura K., Nei M. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees. Mol. Biol. Evol. 1993;10(3):512-526. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040023
11. Gargis A. S., McLaughlin H. P., Conley A. B., Lascols C., Michel P. A. [et al.]. Analysis of Whole-Genome Sequences for the Prediction of Penicillin Resistance and β-Lactamase Activity in Bacillus anthracis. mSystems. 2018;3(6):e00154-18. https://doi.org/10.1128/mSystems.00154-18
12. Pisarenko S. V., Eremenko E. I., Ryazanova A. G., Kovalev D. A., Buravtseva N. P. [et al.]. Phylogenetic analysis of Bacillus anthracis strains from Western Siberia reveals a new genetic cluster in the global population of the species. BMC Genomics. 2019;20(1):692. https://doi.org/10.1186/s12864-019-6060-z
13. Eremenko E. I., Pechkovskii G. A., Pisarenko S. V., Ryazanova A. G., Kovalev D. A. [et al.]. Phylogenetics of Bacillus anthracis isolates from Russia and bordering countries. Infection, Genetics and Evolution. 2021;92:10489. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2021.104890

Ключевые слова: Bacillus anthracis, полногеномное секвенирование, полногеномный анализ однонуклеотидных полиморфизмов, сравнительная геномика